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現存的多元醫療體系并存的現狀,將云南醫療分為三個體系,即自然醫療體系、擬人醫療體系和現代醫療體系。每一種醫療體系都有一套理論用以說明何為病因、疾病的機理、治療方式、預防方法、病的嚴重性、對治療結果的評價等,多元醫療體系的形成與其社會、文化與宗教傳統有密切的關聯,并從不同層次滿足了病人的治病需求。自然醫療體系從樸素唯物主義的視角,將健康、疾病與自然現象、人的心理活動聯系起來,認為當人體內的各種元素,如陰陽、五行、體液等順應自然的變化,保持動態平衡時,人的健康狀態良好,而這種平衡被打破時則出現疾病,治病的目的是調節體內各元素的平衡;擬人醫療體系從超自然的視角來解釋疾病,認為生命與健康乃神靈所賜,疾病是鬼怪作崇、祖先懲戒、天譴神罰。現代醫療體系認為疾病是對生物學健康標準和完好狀態感受的偏離,這種觀點包含著在機體內存在著可以被客觀驗證的病因機制,現代醫學對疾病的診斷,實際上是將可觀察到的癥狀與人體生理學功能對應后所得出的結論。僅從概念上講,當某人的癥狀、主訴或物理檢查和/或化驗檢查提示異常時,就可以認定他/她是病人。由于疾病的發生是在一定環境條件下,人體的免疫、代償、調節、適應等功能與致病因素相對抗處于劣勢,疾病在現代醫學上解釋為在致病因素的作用下,機體的結構或功能發生障礙,表現異常。
理論來源的多樣性也造成醫學人類學在學科分類時的多樣性,有傳統的三分法,一般多以生物科學觀點、文化觀點和批判理論作為三大主流分支學科,也可以根據研究地點將醫學人類學分成社區醫學人類學和臨床醫學人類學。綜合醫學人類學的發展歷史與研究取向,人類學分成五個分支學科:生物醫學人類學、環境醫學人類學、民族醫學、應用醫學人類學和批判醫學人類學。醫學人類學理論研究和長期的田野工作實踐,并將醫學人類學理論體系分為結構功能醫學人類學、闡釋醫學人類學、批判醫學人類學、儀式醫學人類學和生態醫學人類學五大理論體系。

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